Александр Симанович, коллега Вам все верно ответил, только Вы его ответ неверно поняли.
Простите, такой образный оборот, но Вам нужно отделять мух от котлет. В Вашем случае нужно: 1) определить доли в приватизированн­ой квартире участников приватизации (это то соглашение либо судебный спор о котором написал Вам коллега); 2) унаследовать определенную по соглашению или через суд долю отца.
Начать нужно с определения долей участников приватизации, так как без него мы не знаем размер доли отца, а значит и никто на сможет получить на нее свидетельство о праве на наследство (после выдачи свидетельства доказать права на квартиру участник приватизации сможет только в судебном порядке). Обычно доля в приватизации эквивалентна внесенным участником квоте и денежным средствам, из информации в вопросе, возможно доли распределяться как 17/100 сыну-участнику приватизации и 83/100 - наследуемая доля, но могут быть нюансы, поэтому точный ответ Вам сможет дать только нотариус, после того как проверит все по документам.
Дальше - наследство. По завещанию каждый из братьев получит половину доли отца. Т.е., если размер подсчитанных Вами долей в приватизации совпадет с реальным, то каждый из братьев получит по 83/200, и у брата не участвовавшего в приватизации будет 83/200 доли в праве на квартиру, а у участвовавшего в целом - 117/200 доли в праве собственности на квартиру.
При определении доле для выдачи свидетельств о праве на наследство при отсутствии соглашения о разделе наследства (это такое соглашение, которое тоже можно заключить у нотариуса и по которому, если в состав наследства входят, например, квартира и гараж, один наследник получит весь гараж, а не его долю, и компенсацию, а второй, всю квартиру и заплатит первому брату компенсацию за разницу в стоимости полученного наследственного имущества), нотариус не будет и не может учитывать имущественное положение наследников и их регистрацию по месту жительства.

По Вашему вопросу относительно того, как будет отражено, что кому принадлежит в документах - документах будут отражены доли, никакого закрепления комнат за каждым из братьев в документах при таком оформлении не будет. Если Вы хотели уточнить что-то другое, то попробуйте по-другому сформулировать вопрос.